应用（职业）技术学院前身为农业教育系。农业教育系在原东北农学院农学系农业教育与推广专业基础上于1988年5月成立，该系定向招收省内农类中等职业学校学生，为省内中等职业教育培养第一产业专业课师资。

1989年9月，农业教育系迁往阿城分院办学并招收首批新生，专科层次，学制三年。1995年3月，经原黑龙江省教委批准设立黑龙江省农业职业教育培训中心，为我省中等职业学校培养、培训第一产业专业课师资，中心的具体任务由农业教育系承担。同年，由东北农业大学发起成立了“黑龙江农业教育联合会”，成员为省内农业高校、农业中专学校和各级农业职业学校，形成了以东北农业大学为核心的黑龙江省农业职业教育体系框架。

1994年农职师资培养由专科升为本科。至今，先后设置了农产品储运与加工教育、畜禽生产教育、农艺教育、植物保护教育等本科专业。1995年8月，农业教育系迁回哈市，在东北农业大学西校区（哈尔滨市香坊区公滨路201号原黑龙江省管理干部学院）办学。 1997年在农业教育系基础上成立了职业技术学院。1998年随着农业职业教育的不断发展及对专业人才的需求，学院及时调整专业，进一步明确培养目标，在原有本科教育专业基础上增设了农村电气工程技术、畜禽生产与疾病防治等高职高专专业。1999年是大力发展高等职业教育时期，学院除了本科教育类专业外，共开设了畜禽生产与疾病防治等9个高职高专专业，并与黑龙江省农业机械化学校、黑龙江畜牧兽医学校、黑龙江省农业经济学校、黑龙江省水产学校、黑龙江省粮食学校、哈尔滨电力学校、佳木斯农业学校、大庆农业学校、北安农业学校9所重点农业中专学校正式签署了合作办学协议书，设立职业技术学院分院, 联合培养农类高职专科人才。

2003年，为了满足社会对高层次应用型人才的需求，学校决定职业技术学院同时启用“应用技术学院”名称，试办应用型本科专业（东农人字[2003]14号），同时停招三年制高职专科学生。2004年学院除了为中职学校培养专业课师资外，开始承担“村村大学生计划(培养)”工作。

1989年至今，学院共培养毕业生3596人，其中农业职业教育师资班毕业生大多回到各县、乡职教中心学校任教，并成为各校的骨干力量。培养的高职专科生和“村村大学生”已成为我省农业生产一线的中坚力量。通过开展高等农业职业教育真正实现了东北农业大学培养的人才通向农村一线、服务三农的目标。

应用（职业）技术学院以培养应用型、技能型“落地”人才和“本土”人才为目标，以突出应用能力和综合素质培养为特色，注重学生技术应用能力、动手能力和创新能力的培养。同时学院还开展面向中高职师资、教育管理人员、行业职工、在校学生的专门技能培训，努力为龙江经济发展培养多层次的应用型专门人才。

目前，应用（职业）技术学院现有教职员工19人，其中专职教师9人。专职教师中教授3人，副教授3人，讲师3人；具有博士学位2人，硕士学位5人，在读博士2人。学院下设办公室、教务科、团委、农业教育与推广系、思想政治教研室、农业综合实验中心、黑龙江省农业职业教育培训中心7个部门。